En cuanto a selecciones nacionales, Motagua es el club hondureño que más jugadores ha aportado a la Selección de Honduras en Copas del Mundo -once en total- y Copas América -seis en total-, y el segundo que más lo ha hecho en Copas de Oro -cuarenta y uno en total-. El máximo goleador en la historia de Motagua es Rubilio Castillo -con 99 goles- quien ha tenido, hasta el momento, replicas camisetas futbol tres pasos por el club.